Bereits im Jahre 1872 wurde die Brennerei von der Hombo Shuzo Ltd. gegründet und produzierte lange Zeit den japanischen Schnaps „Shoshu“. Erst im Jahr 1985 kam die Shinshu Mars Distillery dazu, welche, mit mäßigem Erfolg, 7 Jahre lang die ersten Whiskies und Brandies herstellte.
Im Jahr 2011 wagte man einen Neustart mit der Whisky Produktion und eröffnete 2016 mit der Tsunuki Distillery noch eine weitere Brennerei. Seitdem werden deutlich erfolgreichere Whiskies produziert, sodass die Hombo Shuzo Company 2017 sogar als „Craft producer of the year“ ausgezeichnet wurde.
